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Un génome humain décodé

Il s'agit maintenant de comprendre les fonctions et les interactions des 100 000 gènes.

Par NATALIE LEVISALLES, le 7 avril 2000. Agence Française de Presse

Tout en bas! Ascenseur express SOMMAIRE DE LA PAGE : Le génome humain vient d'être décrypté(?) - Des fragments d'ADN de l'homme se sont glissés dans la carte génétique de la mouche  - Des chercheurs corrigent des gènes déficients de la mouche drosophile - Craig Venter, le président de Celera - De la science fiction dans nos assiettes

La société américaine Celera Genomics a annoncé hier qu'elle avait «achevé le séquençage du génome d'une pere génome humain. L'étape suivante consistera à trouver les mots formés par ces lettres, etsonne». Autrement dit, qu'elle avait identifié toutes les lettres ou «bases» qui composent l le sens de ces mots, autrement dit les 50 000 à 100 000 gènes humains et leurs fonctions. Avec cette annonce, Celera, la société de biotechnologie dirigée par le très médiatique Craig Venter, vient de marquer un nouveau point dans la course au décryptage des 3 milliards de paires de bases qui constituent 100 000 gènes humains. Cela n'a pas échappé aux financiers.

Nomade ChanghthangDans les heures qui ont suivi cette annonce, le cours de l'action Celera a grimpé de 25 % à la Bourse de New York.

Le président de Celera, Craig Venter, est un habitué des premières. C'est lui qui a le premier séquencé un génome de bactérie, en l'occurrence Haemophilus influenzae, en 1995. C'est lui qui a séquencé le premier génome d'insecte: il y a deux semaines à peine, Celera avait déjà publié le séquençage du génome de la drosophile, une petite mouche, l'un des animaux modèles en biologie.

C'est en septembre que Celera a démarré le décryptage du génome humain, avec une méthode qui consiste à séquencer le génome par fragments. Autant le travail qui vient d'être réalisé est relativement «simple» et répétitif, à condition de disposer de bons logiciels et de bons ordinateurs bien sûr. Autant la suite du travail sera compliquée et subtile pour les généticiens. Il s'agit en effet d'identifier chacun des 100 000 gènes, de comprendre leurs fonctions et de comprendre les interactions de tous les gènes. La plupart des caractéristiques physiques - et des maladies - ne sont en effet pas déterminées par un seul gène, mais par deux, trois ou beaucoup plus!

Il faudra également déterminer les différences génétiques individuelles entre les êtres humains, celles qui expliquent la couleur des yeux ou la sensibilité à une substance toxique. C'est en partie pour cette raison que Celera Genomics est en train de séquencer le génome Copyright Louis ROCQUIN.de cinq autres personnes, des hommes et des femmes d'origines ethniques différentes.

Celera Genomics, qui a pris une longueur d'avance sur le projet public Human Genome, piloté par les NIH (Instituts nationaux de la santé américains), dans la course au décryptage du génome, affirme que, une fois les fragments de génome mis en ordre, elle les mettra à la disposition de toute la communauté scientifique. Il y a quelques semaines, Bill Clinton et Tony Blair avaient lancé un appel aux scientifiques du monde entier pour qu'ils versent dans le domaine public les informations sur le décodage du génome, tout en reconnaissant la nécessité de breveter les inventions issues des recherches génétiques, un domaine dans lequel se sont déjà lancées plusieurs compagnies. Ainsi, Celera Genomics a déjà signé un accord avec les laboratoires Rhône-Poulenc Rohrer pour la mise au point de thérapies du cancer et de l'asthme.

Que se passera-t-il demain? Il va d'abord falloir quelques mois à Celera pour assembler dans le bon ordre les fragments de génome. Le travail d'identification des gènes, par Celera et par les laboratoires de génétique du monde entier, pourra alors commencer. Mais - et ceci explique sans doute la manière un peu spectaculaire avec laquelle Celera a fait sonCopyright AFP (Don Quichotte N°1) annonce -, en dehors de la recherche fondamentale, la connaissance des gènes a bien entendu des application médicales... et industrielles. Pour chaque gène identifié, les biologistes, les médecins et les industriels espèrent pouvoir trouver un traitement, une molécule thérapeutique, une spécialité pharmaceutique.

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Un chercheur apôtre du privé

Craig Venter, le président de Celera, est un chercheur atypique qui a bouleversé le paysage de la recherche génétique. En mai 1998, il avait annoncé qu'il s'apprêtait à acheter 230 séquenceurs capables de lire 1 million de bases par jour, et qu'il pourrait ainsi réussir à séquencer le génome humain en... 2001. Déjà à l'époque, le pari semblait risqué. Non seulement il l'a tenu, mais il est allé encore plus vite que prévu. Pour gagner la course qu'il avait engagée avec le projet Human Genome, ce biochimiste de 53 ans a utilisé son intelligence, ses compétences et un manque de modestie à toute épreuve. Sa réputation de franc-tireur est née à la fin des années 80 alors que, chercheur aux NIH, il met au point une technique pour «pêcher» les gènes. Cette technique se révèle très efficace.

Mais Craig Venter ne fait pas l'unanimité. Et son désir de faire breveter «ses» gènes choque. En 1992, il quitte alors le secteur public et créé un Institut pour la recherche génomique (Tigre).

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Génome de la mouche: l'erreur était humaine

Des fragments d'ADN de l'homme se sont glissés dans la carte génétique de la drosophile.

Par DENIS DELBECQ Libération du 22 avril 2000

Encore un mauvais coup pour la réputation de Craig Venter. Engagé dans une concurrence sans merci avec le programme international de recherches publiques sur le génome (HGP), l'homme a commis un faux pas. Le 24 mars, près de 200 chercheurs du public et du privé, dont Venter et ses collègues de Celera Genomics, annonçaient l'achèvement de la carte génétique de la mouche drosophile dans la revue Science. La communauté scientifique oubliait un moment les conflits qui l'opposent à Venter et saluait unanimement l'avancée. Celera Genomics rendait les informations publiques et les transmettait à la banque de données publique américaine GenBank.

Vérification. Mais, aussitôt, les équipes de GenBank entamaient leurs procédures de vérification. Et, le 10 avril, leurs conclusions tombaient sans appel: près de 150000 fragments d'ADN attribués à la drosophile proviennent de la carte génétique humaine. Un lièvre soulevé jeudi par le Los Angeles Times. «Les données contaminées n'appartiennent pas au génome de la drosophile, proteste Paul Gilman, l'un des dirigeants de Celera Genomics. Ce sont des informations additionnelles.» Une distinction sémantique pour réaffirmer l'exactitude à «plus de 99,99 % du génome publié dans Science».

La contamination des fragments d'ADN de la drosophile existe pourtant bel et bien, et elle est d'origine expérimentale. «N'importe quel appareil ou produit utilisé pour le séquençage contient des traces d'ADN, justifie Paul Gilman. La contamination est inévitable. Il n'y a pas que des traces d'ADN humain, il y en a de nombreuses autres origines.» Une manière, sans doute, de couper court à la comparaison avec l'homme-mouche mutant du film The Fly, que certains n'ont pas hésité à faire outre-Atlantique.

Pollution. Philippe Glaser, qui a conduit le séquençage de la Listeria à l'Institut Pasteur, souligne les difficultés posées par la vérification des résultats. «Les machines de séquençage sont utilisées pour de nombreux projets en parallèle, d'où le risque de pollution. Cela nous est arrivé pour la Listeria, il est logique que cela arrive à Celera qui travaille en parallèle sur l'homme et la drosophile. Nous passons beaucoup de temps à vérifier nos résultats en comparant les gènes avec tous ceux qui sont connus, de manière à détecter une éventuelle contamination.» C'est de cette manière que la contamination des résultats de la drosophile a été découverte par les chercheurs de la GenBank.

Pourquoi ce contrôle n'a-t-il pas été effectué en amont, avant la publication de l'article dans Science? Pour Celera, c'est le caractère anecdotique des données qui l'explique. Jean Weissenbach, qui dirige le Génoscope d'Evry, impliqué dans le projet HGP, n'est pas du même avis: «Il y a sans doute eu trop de précipitation, et les contrôles n'ont pas été effectués avec la sérénité qui convient.» Peu suspect de sympathies envers Craig Venter, il insisteCopyright Louis ROCQUIN. terresacree@francimel.com pour relativiser la portée de sa mésaventure. «La contamination représente à peine plus de 0,1 % du génome de la drosophile. Celera a retiré les informations de la base. Il n'y a rien de plus à en dire. Il faut accepter l'erreur, elle fait partie de notre quotidien. C'est pour cela que nous insistons toujours sur le caractère provisoire de nos résultats.»

Leçon. Jean Weissenbach espère que «cela servira de leçon et que Venter sera moins prompt à souligner les erreurs de ses concurrents». Il n'a, semble-t-il, pas été entendu. «N'oublions pas que les séquences humaines publiées par le HGP peuvent contenir jusqu'à 10 % de données contaminées», lâche en réponse Paul Gilman, agacé par la publicité faite à l'affaire.

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Des chercheurs corrigent des gènes déficients de la mouche drosophile

BETHESDA (Agence Française de Presse) - Jeudi 15 Juin 2000 - 21h06 heure de Paris - Des biologistes
américains sont parvenus pour la première fois à corriger des gènes
déficients chez la mouche drosophile, à l'aide d'une technique consistant à
remplacer le gène mutant par un gène normal, selon une étude à paraitre
vendredi dans la revue Science.
"C'est quelque chose que nous cherchions à faire depuis 20 ans", s'est
réjoui le Dr Kent Golic, de l'Université de l'Utah.

Cette opération, réalisée depuis longtemps chez d'autres organismes
(bactéries, souris), représente une avancée importante car la mouche
drosophile possède des gènes similaires à ceux que l'on retrouve chez l'homme.

Sur les 289 gènes humains connus susceptibles de causer une maladie
lorsqu'ils sont déficients, 177 possèdent des équivalents chez la mouche
drosophile, d'où l'intérêt évident des quelque 5.000 chercheurs qui
travaillent sur cet insecte dans le monde.

Cette avancée intervient quelques semaines après le décryptage du génome et
l'identification par une équipe de chercheurs américains des 13.601 gènes de
la mouche drosophile.

La méthode mise au point par le Dr Golic et son collègue Yikang Ron leur a
permis de modifier la couleur de générations de mouches drosophiles.

Pour leur expérience, ils ont pris un échantillon de mouches "mutantes"
affectées d'une déficience génétique qui leur donne une couleur jaune pâle,
au lieu de leur couleur brune habituelle.

Ils ont alors injecté dans l'organisme de la mouche une version élaborée en
laboratoire du gène normal (couleur brune), dont les extrémités avaient été
brisées. Au cours du processus de recombination qui intervient
naturellement - les bouts d'ADN isolés sont automatiquement recousus au
génome par l'organisme -, ce gène normal (couleur brune) est venu "bouter"
hors de son emplacement le gène déficient (couleur jaune).

"La machinerie cellulaire de la mouche a rapidement réagi, faisant en sorte
que le gène cassé aux extrémités soit recousu au génome de la mouche
drosophile, remplaçant ainsi l'ancien gène déficient avec la version
correcte mise au point en laboratoire", ont expliqué les chercheurs.

Ils ont ensuite pu vérifier que la génération suivante de mouches était bien
de couleur brune.

Merci à Philippe Onda ponda@chpg.mc pour sa contribution. Illustrations de Louis Rocquin. Photo du télescope spatial Hubble - Celera : l'homme et la mouche - Pas de ce futur-là pour les gosses! - Sommaire de la page - Porte - Jardin

Soleils en formation (Hubble)Pour revenir à la porte du site, cliquer ici!Retour au sommet de la page

Un gros merci aux @cteurs de la part des générations futures:o)

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